Protein-Protein ve Protein-DNA etkileşimlerini açığa çıkarmak üzerine proteinlerin fiziksel etkileşimlerini kullanan moleküler biyoloji tekniğidir. Varyasyonları zamanla geliştirilse de ilk orijinal teknik Stanley Fields ve Ok-Kyu Sing tarafından 1989'da geliştirilmiştir. Sistem transkripsiyon faktörünün yukarı akış aktivasyon genine bağlanıp aşağı akış haberci genini aktive etmesini kullanır. Transkripsiyon faktörünün DNA’ya bağlanma bölgesi (DBD) yukarı akış aktivasyon sekansına bağlanır ve aktivasyon bölgesi (AD) transkripsiyonun aktivasyonundan sorumludur.
Y2H, Gal4 transkripsiyon faktörünü LacZ raportör genini aktive etmekte kullanılır. Ancak fiziksel olarak bağlandıktan sonra raportör geninin transkripsiyonunu başlatan 2 füzyon proteini: Gal4BD+ Yem ve Gal4AD + Av kullanılır. "Yem" ve "Av", etkileşimleri incelenen proteinleri simgeler. Sistem belirli besin (aminoasit veya nükleotid) sentezlerini yapamayan mutant maya (Saccharomyces cerevisiae) hücrelerini kullanır. Transformasyon sonrası iki füzyon proteinini ve eksik besinleri ekspres edebilen plazmidlere sahip olmayan mutant maya hücreleri ölürken sahip olanlar hayatta kalır. "Yem" proteiniyle "Av" proteini entegre olursa raportör geninin transkripsiyonu başlar. Raportör geninin transkripsiyon seviyesi "Yem" ile "Av" proteinlerinin etkileşim seviyesiyle doğru orantılıdır.
Y2H, Gal4 transkripsiyon faktörünü LacZ raportör genini aktive etmekte kullanılır. Ancak fiziksel olarak bağlandıktan sonra raportör geninin transkripsiyonunu başlatan 2 füzyon proteini: Gal4BD+ Yem ve Gal4AD + Av kullanılır. "Yem" ve "Av", etkileşimleri incelenen proteinleri simgeler. Sistem belirli besin (aminoasit veya nükleotid) sentezlerini yapamayan mutant maya (Saccharomyces cerevisiae) hücrelerini kullanır. Transformasyon sonrası iki füzyon proteinini ve eksik besinleri ekspres edebilen plazmidlere sahip olmayan mutant maya hücreleri ölürken sahip olanlar hayatta kalır. "Yem" proteiniyle "Av" proteini entegre olursa raportör geninin transkripsiyonu başlar. Raportör geninin transkripsiyon seviyesi "Yem" ile "Av" proteinlerinin etkileşim seviyesiyle doğru orantılıdır.
